Фамилия Мамугин образована от прозвища или имени Мамуга. Сама основа неочевидна: в русском языке слово «мамуга» не зафиксировано в словарях как нарицательное. Скорее всего, это вариант имени Мамка или Мамушка — уменьшительной формы от православного имени Мамант (греч. «сосущий грудь»). В народной среде такие имена часто переделывали до неузнаваемости: Мамант превращался в Мамо, Маму, а затем и в Мамугу. Менее вероятная версия — связь с тюркским «мамук» (вата, пух) или грузинским «мамука» (отец), но для русской фамилии это нетипично.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мамугин — «сын Мамуги». Такая модель типична для фамилий, образованных от слов на -а/-я. Встречается фамилия в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, что подтверждает её народное, крестьянское происхождение. В документах XVIII–XIX веков Мамугины — чаще всего однодворцы или государственные крестьяне.

Интересно, что фамилия сохранила редкий вариант основы: если бы исходное имя было Мамук, мы бы получили Мамуков, а не Мамугин. Переход «к» в «г» — возможный след диалектного произношения или просто случайная запись при переписи. Однокоренных фамилий мало: Мамукин, Мамушин, Мамулин — все они нечастые, что делает Мамугина непохожим на соседей даже в одном уезде.