Фамилия Малугин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: в древности Малугин означало «сын Малуги» или «человек из дома Малуги». Основа здесь — личное имя или прозвище Малуга.

Что такое Малуга? Скорее всего, это производное от канонического имени Малахия (в просторечии Малаха) или от редкого имени Малуй. Но есть и другая, более живая версия: в северных и сибирских говорах «малуга» — это уменьшительно-ласкательное обращение к младшему, маленькому человеку, ребёнку. В новгородских и архангельских диалектах так могли называть младшего сына, подростка или просто невысокого ростом человека. Корень здесь тот же, что и в слове «малый».

Интересно, что фамилия Малугин встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Костромской и Вологодской губерниях, где диалектное слово «малуга» было в ходу. Встречаются и параллельные формы — Малухин, Малушин, Малунов, но у Малугина своя чёткая словообразовательная линия: суффикс -уг- (как в Ванюга, Петруга) придавал имени оттенок просторечности и даже фамильярности.

Версия о происхождении от крестильного имени Малахия менее убедительна: имя это было редким в крестьянской среде, а вот прозвище по росту или возрасту — типично. Поэтому с большой долей вероятности первый Малугин был либо младшим в семье, либо невысоким человеком, за которым закрепилось домашнее прозвище Малуга.