Фамилия Мальчугин образована от прозвища или нецерковного имени Мальчуга. Основа здесь — «мальчуган», то есть мальчик, парень, подросток. В русских говорах слово «мальчуга» имело два оттенка: ласкательное (как «мальчонка») и пренебрежительное (как «молокосос»). Вряд ли фамилию дали взрослому мужчине с таким прозвищем в насмешку — скорее, она закрепилась за самым младшим в семье сыном или за парнем, который долго сохранял юношескую внешность.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Мальчугин буквально означает «сын Мальчуги» или «человек из семьи Мальчуги». Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, появился бы суффикс -ов, но здесь финаль мягкая («г» перед «а» в имени Мальчуга звучит твёрдо, но в фамилии работает как обычная основа на -а, дающая -ин). Это стандартный притяжательный патроним, каких много: Ивашкин, Петрухин, Васькин.

Интересно, что фамилия Мальчугин почти не встречается в центральных областях России — её ареал тяготеет к северу и северо-востоку. По данным современных исследований, наибольшая концентрация носителей зафиксирована в Кировской области и Пермском крае. Там слово «мальчуга» бытовало в диалектах дольше, чем в южных говорах, где его вытеснили «хлопец» или «парубок». Встречается также вариант Мальчужкин, но он редок и образован от другой формы того же корня.

Сравните с однокоренными фамилиями: Мальчиков, Мальцев (от «малец»), Мальшаков. Все они восходят к одному смысловому гнезду — «малый, молодой», но Мальчугин стоит особняком из-за суффикса -уг-, который придаёт слову разговорный, почти простонародный оттенок. В документах XVII–XVIII веков крестьян и посадских людей часто записывали именно по уличным прозвищам, и Мальчуга могло быть таким внутрисемейным именем, не попавшим в святцы.

Таким образом, Мальчугин — фамилия, указывающая на молодость предка или его положение в семье. Никакого тайного смысла или иностранного корня здесь нет: перед нами чисто русская, диалектная по происхождению фамилия, которая сохранила звучание живой народной речи.