Фамилия Мальчугина образована от прозвища Мальчуга. Оно может брать начало от прилагательного «мелкий». Вероятно, именование Мальчуга отражает особенности внешности его обладателя. Не исключено, что прозвище Мальчуга указывает на порядок рождения ребенка в семье. Мальчугой могли прозвать самого младшего сына. Возможно также, что прозвище Мальчуга восходит к аналогичному существительному со значением «мальчик». Мальчиком часто называли слугу, а также малолетнего работника в ремесленном или торговом заведении. В таком случае прозвище Малчуга относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии. Так и прозвище Мальчуга закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Мальчугина. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мальчуга, со временем получил фамилию Мальчугина. Представители фамилии Мальчугиных встречаются в различных исторических источниках. Так, в Книге памяти Ивановской области упоминаются Иван Петрович Мальчугин, родившийся в 1875 году в Кинешемском районе Ивановской области, Кирилл Михайлович Мальчугин, родившийся в 1885 году в деревне Харчи Ивановской области.