Фамилия Мальчушкин — одна из тех, где корень лежит на поверхности, а суффикс не даёт спутать её с более массовыми вариантами. Основа «мальч-» восходит к слову «мальчик» (в диалектах — «мальчуган», «мальчонок»). Но фамилия образована не от него напрямую, а от прозвища или имени Мальчушка, Мальчук — так в семье или в деревне могли называть младшего сына, подростка, паренька маленького роста или просто того, кто долго оставался в статусе «малого», неженатого.

Главная особенность — суффикс -ушкин. В русских фамилиях он встречается реже, чем -ов или -ин, и указывает на краткую форму имени с уменьшительно-ласкательным оттенком: Мальчушка — Мальчушкин. Модель та же, что у фамилий Ванюшкин, Петрушкин, Кирюшкин, но здесь основа не каноническое имя, а нарицательное слово. Это говорит о том, что прозвище было стойким и передалось по наследству как фамильное.

По сословной принадлежности Мальчушкины, скорее всего, крестьяне или посадские люди. Фамилия не дворянская, не книжная — она бытовала в среде, где детей называли не по святцам, а по домашним прозвищам. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, но массовой географической привязки нет: фамилия редкая, не входит даже во вторую сотню по частотности.

Любопытно, что у фамилии есть «двойник» — Мальчаков (от Мальчак, Мальча). Но Мальчушкин звучит более ласково и архаично. Если ваш предок носил эту фамилию, в ней, скорее всего, закрепилось не описание внешности или профессии, а семейное прозвище, которое дали младшему или самому юному члену рода.