Фамилия Мамуненко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII-XVIII веках стала массово вытеснять более ранние формы именований на казацких землях. Суффикс -енко в украинской ономастике выполнял функцию, схожую с русским -ович/-евич: он указывал на сына, потомка, а в более широком смысле — на принадлежность к роду. То есть Мамуненко — это «сын Мамуна» или «из рода Мамунов».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Мамун. Здесь возможны два корня, и оба ведут в бытовую, неофициальную сферу. Первый и самый вероятный — от украинского «мамун», «мамуня» в значении «маменькин сынок», «неженка», «избалованный ребенок». В народной речи так могли назвать человека, который вырос в тепличных условиях, под опекой матери, или просто ласково, как домашнее прозвище. Второй вариант — от тюркского «мамун» (спокойный, кроткий, смирный), которое через контакты с крымскими татарами могло попасть в украинские говоры и закрепиться как прозвище по характеру.

Словообразовательная модель с суффиксом -енко характерна прежде всего для Левобережной и Слободской Украины, а также для южнорусских регионов, куда мигрировали украинские казаки и крестьяне. Фамилия Мамуненко встречается в основном в Черниговской, Полтавской, Сумской областях, а также в приграничных районах России (Белгородская, Воронежская области) — это зона расселения выходцев из Гетманщины в XVIII-XIX веках.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в русской среде часто образовывались от крестильных имен (Иванов, Петров), Мамуненко держится на прозвищной основе, связанной с бытовой характеристикой. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком незнатного происхождения — скорее всего, казаком, мещанином или крестьянином, которому дали прозвище по какой-то заметной черте.

Среди однокоренных фамилий можно назвать Мамунов (русская адаптация с суффиксом -ов), Мамун, Мамунчик, Мамунко. В украинских реестрах XVII-XVIII веков встречаются отдельные упоминания прозвища Мамун, но массовой фиксации фамилии в ранних документах нет — она сложилась уже в поздний период, когда суффикс -енко стал доминирующим.