Фамилия Мамунов — один из тех случаев, когда внешне простое русское окончание -ов скрывает под собой неочевидную основу. Суффикс -ов указывает на типичную модель образования отчества или прозвища: «чей?» — сын Мамуна. А вот с корнем начинаются сложности.

Самая прямая и распространённая версия — связь с тюркским именем Мамун. В арабском и тюркском мирах это имя известно в значении «надёжный», «доверенный», «заслуживающий доверия» (от арабского корня «амн» — безопасность). В истории особенно знаменит халиф аль-Мамун (VIII–IX века), покровитель наук. Однако в русскую среду имя могло попасть не напрямую из арабского, а через тюркские народы Поволжья и Кавказа, с которыми у русских издавна были тесные контакты. В этом случае Мамун — это личное имя, а Мамунов — «сын Мамуна».

Есть и другая, бытовая версия, которую приводят некоторые исследователи русских фамилий. В южнорусских и украинских говорах словом «мамун» или «мамуня» могли называть избалованного, изнеженного человека, «маменькиного сынка». Слово это образовано от «мама» с характерным для юга суффиксом -ун. Если так, то фамилия пошла не от имени, а от прозвища, которое дали либо чрезмерно опекаемому ребёнку, либо взрослому мужчине с мягким, несамостоятельным характером. Эта версия объясняет, почему фамилия встречается не только в регионах с тюркским населением, но и в коренных русских областях.

География фамилии подтверждает обе версии. Мамуновы — не редкая фамилия на Кавказе и в Закавказье (особенно в Азербайджане и Дагестане), что указывает на тюркский след. Одновременно она фиксируется в старых документах по Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниям — там, где было сильное влияние тюркских языков, но и где бытовали свои диалектные слова.

Таким образом, носитель фамилии Мамунов с равной вероятностью может быть потомком человека, получившего имя в честь доверенного и уважаемого лица, или же потомком прозвищного «мамуна» — изнеженного сынка. Различить эти две линии без семейной истории и точного места происхождения предков почти невозможно.