Фамилия Манаргия — один из тех редких случаев, когда внешняя форма больше говорит о происхождении человека, чем о его роде занятий. Она звучит не по-русски, и это не случайно: корень фамилии, скорее всего, не славянский, а греческий или румынский. Основа «манар» может восходить к греческому «манарис» (μάνναρης) — «священный, божественный», либо к румынскому слову «mânar», которое в диалектах означает «ручной, прирученный» или даже «ловкий, умелый». Суффикс «-гия» в русском языке — редкий и почти всегда указывает на недавнее заимствование фамилии из южнославянских или балканских языков, где такой суффикс мог передавать принадлежность к определённой местности или роду.

Географически фамилия Манаргия встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области, а также среди греков Приазовья. Это наводит на мысль, что предки носителя фамилии могли быть понтийскими греками, переселившимися в Российскую империю в XVIII–XIX веках. В греческой среде фамилии на «-ия» часто образовывались от личных имён или прозвищ, и Манаргия могла означать «сын Манара» или «человек из рода Манаров». Альтернативная версия — румынское происхождение: в Молдавии и на Буковине встречаются фамилии с похожим суффиксом, и «mânar» могло быть прозвищем ремесленника, работающего руками, например, плотника или кузнеца.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: в русской ономастике нет продуктивной модели с суффиксом «-гия». Это значит, что фамилию не «делали» по русскому шаблону из прозвища или профессии — её принесли уже готовой. Поэтому искать в ней типичный славянский корень вроде «мана» (от «манить») или «манаг» (от «манагер») неверно. Наиболее правдоподобная гипотеза — греческая, с исходным значением «божественный» или «посвящённый», что могло указывать на связь предка с церковной службой. Впрочем, без письменных источников XVII–XVIII веков окончательно утверждать нельзя: фамилия редкая, и её носители, скорее всего, немногочисленны и компактно проживают в одном регионе.