Фамилия Маньченкова — женская форма, а её мужской вариант Маньченков. В основе фамилии лежит имя Манька — уменьшительная форма от канонического имени Мануил (в народном произношении — Мануйла) или от имени Емельян (разговорная форма — Мануйла). В русской ономастике такие «усечённые» имена с суффиксом -к- (Манька, Ванька, Петька) были широко распространены в крестьянской и посадской среде. Фамилия образована по стандартной модели: к основе Маньк- добавили суффикс принадлежности -ов/-ев, а затем окончание -а для женского рода. То есть Маньченков дословно означает «сын Маньки» или «потомок Маньки».

Суффикс -енк- в середине фамилии (Маньченков, а не Маньков) указывает на украинское или южнорусское происхождение. В украинском языке патронимический суффикс -енко (Маньченко) обозначал «сын такого-то», а при переходе в великорусскую среду к нему добавили типичный русский суффикс -ов. Такие гибридные фамилии (на -енков) особенно часты в Курской, Воронежской, Белгородской областях и на Дону — в зоне смешения русского и украинского населения.

География фамилии подтверждает эту версию. По данным открытых источников, Маньченковы в XIX — начале XX века были записаны преимущественно в Курской губернии (например, в Обоянском уезде) и в Области Войска Донского. Это были государственные крестьяне или однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи. Нередко фамилия встречалась и среди казаков, поскольку имя Мануил было популярно в казачьей среде.

В написании фамилии встречается вариативность: Маньченков и Манченков (с одним «ь»). Второй вариант мог возникнуть из-за того, что в некоторых говорах «мягкий» звук [н'] произносился без явного смягчения, и на письме его перестали обозначать. Однако обе формы восходят к одному корню.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с тюркским словом «манча» (что-то вроде «место для стоянки»), но это натяжка: суффикс -енков — славянский, а не тюркский, и основа Мань- легко объясняется из русских имён. Более правдоподобная альтернатива — связь с прозвищем Манька, которое в некоторых говорах давали человеку с манерой говорить «маня» (то есть «меня»), но и это частная гипотеза без широкого подтверждения.