Фамилия Мангадаев относится к распространенному типу бурятских фамилий. Её основа — личное прозвище Мангадай. Как и в случае с русскими фамилиями, ведущими начало от тюркских прозвищ (Тургенев — от «быстрый», Аксаков — от «хромой», Булгаков — от «беспокойный»), здесь за основу взято иноязычное слово, но уже из бурятского языка.

Прозвище Мангадай восходит к бурятскому слову «мангад», которое переводится как «русский». Вполне вероятно, что это прозвище давали русскому человеку, в своё время попавшему на бурятскую землю. Не исключено и другое объяснение: прозвище могло вести начало от гидронима Мангу — так на языках тунгусских народов Приамурья называлась река Амур. В таком случае родоначальник фамилии мог родиться и жить на берегах этой реки.

До революции фамилию в привычном русском смысле имели в основном крещёные буряты и казаки. Остальные буряты использовали в качестве фамилии имя или прозвище отца. Современная фамилия Мангадаев образована по продуктивной модели: к основе Мангадай добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант суффикса -ов после мягкого согласного). Эта модель типична для бурятских фамилий, образованных от собственных имён: Цырен — Цыренов, Буда — Будаев.

При образовании таких фамилий конечные краткие гласные имени, в соответствии со старомонгольским оформлением, заменяются на «у» или «о» (Абидо — Абидуев, Бато — Батуев и Батоев), а гласные, предшествующие конечному согласному, сохраняют русское оформление (Шагдар — Шагдаров, Шагдыров, Шагдуров). В случае с фамилией Мангадаев основа оканчивается на -ай, поэтому суффикс -ев присоединяется напрямую, без замены гласных. Менее распространённый способ образования бурятских фамилий — с помощью суффиксов -он, -э, -о, -ин, -ай (Мижидон, Бадмажабэ, Балдано, Аюрзанаин, Батожабай). Все эти суффиксы (кроме -ай) являются показателями родительного падежа в старомонгольском языке, а -ай — показатель родительного падежа современного бурятского языка. Однако фамилия Мангадаев пошла по более привычному для русской ономастики пути — через суффикс -ев.