Фамилия Мангура — редкий случай, когда сразу бросается в глаза необычное окончание. В русской фамильной системе суффикс -а в именительном падеже — признак не славянской, а скорее тюркской, молдавской или греческой модели. Фамилии на -а, -у, -о в русском языке часто заимствованы или образованы от прозвищ, которые не склонялись по стандартной схеме на -ов/-ев.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Мангура (или Мангу́ра). В тюркских языках корень «ман» (человек, мужчина) и «кур» (поясница, стан, а также «волк») встречаются в разных сочетаниях. Но конкретнее: в османском и крымскотатарском «манкурт» — человек, потерявший память и волю (это слово стало широко известно после романа Чингиза Айтматова). Однако фамилия могла возникнуть и от более раннего значения: «мангура» — вид рыбы (бычок) или растение. В украинских и южнорусских говорах «мангура» — диалектное название огородного сорняка или, реже, неповоротливого человека.

Есть и другая, менее романтичная версия: фамилия могла прийти из Молдавии или Румынии, где «mangură» — диалектное слово, означающее «жадный», «скупой». В этом случае носитель фамилии — потомок молдавского крестьянина или мещанина, переселившегося в Новороссию или на Кубань.

Географически фамилия тяготеет к югу России, Украине и Молдове. Встречается в реестрах запорожских казаков (как куренное прозвище) и в списках жителей Бессарабии XIX века. В центральной России она почти не фиксируется.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: нет суффикса -ов или -ин, что указывает на её позднее закрепление в документах — часто такие фамилии давали в однодворческих или казачьих общинах, где человека записывали по прозвищу без изменений. Таким образом, предок носителя фамилии Мангура, скорее всего, был либо казаком с южных границ, либо крестьянином из Бессарабии, а его прозвище отражало либо внешность, либо черту характера, либо местный диалектный предмет.