Фамилия Манилкины — пример того, как одно прозвище может породить несколько версий происхождения, и каждая по-своему правдоподобна. Основа фамилии — прозвище Манилка. Чаще всего его давали человеку, который «манит», то есть завлекает, выманивает хитростью, плутует. В этом случае прозвище носило нелестный оттенок и указывало на характер или поведение.

Но есть и другая линия. На юге, под влиянием украинского языка, глагол «манити» означал «кивать». Манилкой могли называть того, кто со всеми соглашается, кивает в ответ — этакий уступчивый человек. Такая региональная привязка делает эту версию особенно интересной: она объясняет, почему одна и та же основа могла возникнуть в разных местах независимо.

Третья гипотеза выводит прозвище из календарного имени Иммануил (в переводе с древнееврейского — «с нами Бог»). Манилка — уменьшительно-бытовая форма этого имени, редкая, но не невозможная в народной среде. В таком случае фамилия оказывается не прозвищной, а патронимической — по имени предка.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа Манилк- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Манилкин сын). Это типичная фамилия-патроним, каких много в центральных и северных губерниях России. Суффикс -ин, в отличие от -ов, обычно присоединялся к основам на -а/-я, что как раз и даёт Манилкин.

О точном месте возникновения говорить сложно: процесс закрепления фамилий шёл веками, и Манилкины могли появиться в разных уездах независимо друг от друга. Известно, что фамилия встречается в тверских и псковских землях, но не массово — это редкая фамилия, что делает её ещё более ценной для семейной истории.