Фамилия Манилкина — женская форма фамилии Манилкин, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или именем, а не с литературным героем Гоголя, хотя соблазн провести параллель велик. Основа фамилии — личное имя или прозвище Манилка, которое, в свою очередь, образовано от глагола «манить» — звать, привлекать, обманывать посулами. В старину «манилой» или «манилкой» называли человека, который завлекает, обещает, но не выполняет, или же, наоборот, того, кто притягивает к себе взгляды и внимание — например, красивую девушку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манилкин — сын Манилки. В русской ономастике это типичная патронимическая модель, характерная для центральных и северных регионов России. Если бы фамилия была образована от более редкого варианта Манилко (с украинским или белорусским суффиксом -ко), то форма звучала бы как Манилков или Манилко. Здесь же мы видим именно -ин, что говорит о русском происхождении.

В словарях прозвищ и фамилий (например, в работах Б. Унбегауна или В. Никонова) упоминаются однокоренные фамилии: Манилов, Маничев, Манихин. Манилкин стоит в этом же ряду, но с уменьшительным суффиксом -к-, который придаёт прозвищу более бытовой, даже ласкательный оттенок. Манилка — не просто «тот, кто манит», а скорее «маленький манщик» или «Манила-младший».

Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и центральных областях России, что подтверждается архивными записями XIX века. В метрических книгах Казанской и Симбирской губерний попадаются крестьяне и мещане с фамилией Манилкин, что указывает на низовое, недворянское происхождение. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, предки носительницы фамилии Манилкина — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище за манеру поведения: либо за способность заманивать и привлекать, либо за склонность к пустым обещаниям. В любом случае, корень здесь живой, разговорный, без книжной выдумки.