Фамилия Манилкин — классический пример «прозвищной» фамилии, образованной с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Манилкин», то есть потомок Манилки. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно крепится к основам на -а/-я, в отличие от -ов/-ев, так что морфология здесь прозрачная и типичная для центральной России.

Сложнее с прозвищем Манилка. Первое, что приходит на ум — глагол «манить». В русских говорах манилкой называли не просто того, кто зовёт или подзывает, а скорее хитреца, плута, который выманивает что-то обманом. Такое прозвище могли дать нечестному торговцу или ловкому проходимцу. Однако есть и более мягкая версия: в украинском языке «манити» означает «кивать» (в знак согласия). Тогда Манилка — это человек, который со всеми соглашается, поддакивает, кивает. Прозвище могло быть ироничным — либо подхалим, либо просто уступчивый человек.

Интересна и третья, менее очевидная гипотеза. Манилка могла быть простонародной, уменьшительной формой редкого крестильного имени Иммануил (древнееврейское «с нами Бог»). В русской традиции длинные и непривычные библейские имена часто сокращали до неузнаваемости: Иммануил — Манила — Манилка. Такая цепочка вполне реальна для XVII–XVIII веков, когда имя ещё встречалось в святцах, хотя и не было популярным. Если это так, то фамилия Манилкин — не от прозвища по характеру, а от канонического имени, что меняет её смысл с бытового на религиозный.

Спор между этими версиями не разрешить без конкретных архивных записей по конкретной семье. Но если смотреть по частоте: прозвища от «манить» встречаются в русской ономастике чаще, чем производные от Иммануила. Поэтому для большинства носителей фамилии Манилкин более вероятно прозвищное происхождение — от плутоватого или, наоборот, уступчивого предка.