Фамилия Манилкин образована от прозвища Манилка. Прозвище Манилка на Руси нередко получал тот, кто манит, выманивает, плут. Однако не исключено, что эта фамилия связана с украинским глаголом «манити» - «кивать». В этом случае Манилкой могли называть того, кто со всеми соглашается. По другой версии, в основе данной фамилии производная форма имени Иммануил — Манилка, которое переводе с древнееврейского языка это имя “с нами Бог”. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Манилка, со временем получил фамилию Манилкин.