Фамилия Манилюк звучит на слух необычно, и это не случайно. Её основа — не каноническое церковное имя и не распространённое славянское прозвище, а, скорее всего, вариант личного имени Мануил (библейское «с нами Бог»). В народной речи это имя часто упрощали: вместо Мануил говорили Мануйло, Мануля, а в украинской и белорусской среде — Манило. От этой уменьшительной формы с помощью суффикса -юк и появилась фамилия Манилюк.

Суффикс -юк (в русской передаче — -юк) — типичный для западноукраинских и белорусских фамилий, особенно распространённых на Волыни, в Подолье и на Полесье. Он означает «сын» или «потомок»: Манилюк — буквально «сын Манила», то есть потомок человека, которого в быту звали Манилом. Такая модель образования — одна из самых продуктивных в этом регионе, она же дала фамилии Ковалюк (от коваль — кузнец), Грицюк (от Гриць — Григорий) и множество других.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с глаголом «манить» (звать, привлекать). В этом случае прозвище Манило могли дать человеку, который часто звал кого-то или, наоборот, был зазывалой, общительным. Однако в ономастике предпочтение отдаётся версии с именем Мануил, поскольку она объясняет и распространённость, и типовую суффиксальную модель.

Географически фамилия Манилюк преимущественно встречается на западе Украины, в Житомирской, Ровенской, Хмельницкой областях, а также среди потомков переселенцев из этих земель в других регионах бывшего СССР. В России она редкая, что делает её хорошим маркером западноукраинского или полесского происхождения предка.

Социальный статус первых носителей фамилии был, скорее всего, крестьянским или казацким: такие патронимические фамилии на -юк в XVIII–XIX веках закреплялись в основном за непривилегированными сословиями, у которых не было наследственных фамилий раньше. Никаких дворянских родов с этой фамилией в гербовниках не числится.