Фамилия Маниленко образована по типичной для украинских и южнорусских земель модели: к основе Манил- добавился суффикс -енко, который в этой языковой среде означал «потомок», «сын». Поэтому Маниленко буквально понималось как «сын Манилы».

Спор о происхождении самой основы — Манила — сводится к двум основным версиям. Первая связывает её с украинским глаголом «манити», то есть «кивать», «манить». Так могли прозвать человека, который во время разговора привычно кивал головой, подтверждая слова собеседника, или же того, кто отличался манящим, призывным жестом. Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, возводит Манилу к просторечной форме церковного имени Иммануил (с древнееврейского — «с нами Бог»). В народе сложные имена нередко сокращали и адаптировали на свой лад, так что Манила вполне могло стать уменьшительным от Иммануила в быту.

В любом случае, первоначально прозвище или неканоническое имя Манила закрепилось за конкретным человеком, а затем, передаваясь по наследству, превратилось в родовое имя для его детей. Фамилия Маниленко встречается преимущественно в регионах, исторически связанных с Украиной и югом России, что подтверждает её словообразовательную модель.