Фамилия Манилова образована от имени Манил. Это краткая, народная форма церковного имени Мануил (канонический вариант — Иммануил, из древнееврейского «с нами Бог»). В русской крестьянской и мещанской среде такие сокращения были нормой: полное имя в быту укорачивали, а затем от этой обиходной формы и возникала фамилия.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Манилов), то есть «сын Манила» или «из семьи Манила». Фамилия Манилова — женская форма, соответствующая мужской Манилов.

Есть и вторая, менее распространённая версия происхождения. В древнерусском языке существовало слово «манило» (от «манить») — нечто манящее, привлекающее, а также прозвище для обольстительного или завлекающего человека. Однако эта гипотеза слабее первой: прозвища с корнем «ман-» (Маниха, Маня) встречались, но имя Манил документально зафиксировано именно как сокращение от Мануил. Поэтому церковное происхождение основы более правдоподобно.

Вывод: предок носительницы фамилии Манилова, скорее всего, был человеком простого звания, которого в обиходе звали Манилом — сокращённо от Мануил. Фамилия закрепилась по русской патронимической модели и не связана с литературным персонажем Гоголя, хотя внешнее совпадение с фамилией гоголевского героя иногда порождает ложные ассоциации.