Фамилия Манила — редкий случай, когда прозвище почти без изменений перешло в наследственное именование. В ней нет типичного русского фамильного суффикса -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её позднее происхождение или нерусскую основу. Скорее всего, перед нами застывшее прозвище, которое дали человеку и которое не стали переоформлять по стандартной модели.

Самая прямая версия — связь с городом Манила, столицей Филиппин. В XVIII–XIX веках это название было на слуху у русских моряков и купцов, участвовавших в кругосветных плаваниях и торговле с Востоком. Прозвище Манила мог получить человек, побывавший в тех краях, торговавший с Филиппинами или просто имевший какую-то яркую ассоциацию с этим далёким портом. В пользу этой версии говорит то, что фамилия не встречается массово и носит скорее единичный, «экзотический» характер.

Менее вероятная, но возможная версия — от глагола «манить». В этом случае прозвище Манила могло означать «зазывала», «обольститель» или даже «лгун» (в значении «манящий пустыми обещаниями»). Однако такая словообразовательная модель для русского прозвища нехарактерна: обычно от глаголов образовывали формы с суффиксами (-ло, -ун, -ка), а не чистую основу настоящего времени. «Манила» как отглагольное прозвище звучит неестественно для русской ономастики.

Географически фамилия Манила почти не привязана к какому-то региону — это редкая, точечная фамилия. Встречается она в основном в городской среде, что косвенно подтверждает версию о книжном или «путешественническом» происхождении. Сословно носители могли быть из купцов, моряков или мещан — людей, имевших дело с дальними странами.

Таким образом, наиболее убедительное объяснение фамилии Манила — прозвище, данное по названию филиппинской столицы, которое закрепилось как фамилия без дополнительных суффиксов. Это не «русская» фамилия в классическом понимании, а скорее памятка о чьём-то дальнем плавании или торговой поездке.