Фамилия Маноила — редкий случай, когда в основе лежит не полное имя, а его краткая, усечённая форма. Она происходит от крестильного имени Мануил (церковная форма Эммануил), что в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В русской традиции имя Мануил было распространено среди духовенства и купечества, но в народной речи его часто сокращали до Маной, Маноха или Маноша. Фамилия Маноила, судя по окончанию, застыла в форме, близкой к именительному падежу исходного имени, что нетипично для русских фамилий, которые обычно оформляются суффиксами -ов, -ин, -ский.

Такая модель — фамилия как прямое, неадаптированное имя — встречается у народов, испытавших влияние румынской или молдавской ономастики, где фамилии нередко совпадают с личными именами (например, Георге, Ион). В славянской среде Маноила могла возникнуть у украинцев или белорусов, где фамилии на -а без суффикса не редкость, особенно в западных регионах. Однако есть и иная версия: фамилия могла быть образована от прозвища Маноил, которое давали человеку, носившему имя Мануил, но с течением времени прозвище закрепилось за потомками без изменений.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям бывшей Российской империи — Бессарабии, Подолью, а также к Румынии и Молдавии. Встречается она и у греков, где имя Маноил (Μανώλης) — народная форма от Эммануил, и фамилия могла быть принесена греческими переселенцами в Причерноморье. В отличие от массовых фамилий на -ов, Маноила не указывает на принадлежность к конкретному сословию: её носителем мог быть и крестьянин, и священник, и ремесленник. Единственное, что объединяет предков — имя Мануил в основе, которое в народе звучало как Маноил, а фамилия закрепила этот вариант без изменений.