Фамилия Маноил — редкий случай, когда в основе лежит не адаптированная на русской почве форма канонического имени, а его почти неизменённый греческий вариант. В русской традиции крестильное имя Мануил (от древнееврейского Иммануэль — «с нами Бог») обычно превращалось в Мануилов, Мануйлов или, в просторечии, в Манойлов. Форма Маноил застыла без суффикса -ов, что сразу указывает на нерусское происхождение фамилии: её принесли в готовом виде, а не образовали на месте по модели «чей сын?».

География подсказывает, где искать корни. Фамилия Маноил встречается в Молдавии, Румынии и на юго-западе Украины — в зоне сильного греческого и балканского влияния. Там имя Маноил (Manuil, Manoil) бытовало как полное, а не как производное. Носители фамилии — скорее всего, потомки переселенцев из балканских провинций Османской империи, которые в XVII–XIX веках оседали в Бессарабии и Херсонской губернии. Это могли быть греки-торговцы, ремесленники или священники, потому что имя Мануил в православной среде было традиционно церковным.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. В русском языке суффикс -ил в фамилиях почти не встречается (ср. редкие Данил, Гаврил — но они обычно переходили в Данилов). Маноил — это не русская переделка, а прямая запись греческого Μανουήλ или румынского Manoil. В документах XIX века такую фамилию могли записать и как Маноилов, но если она осталась без суффикса, значит, семья твёрдо держалась исходного произношения и не русифицировала её.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются вывести Маноил из тюркского корня, но это натяжка: имя Мануил — общехристианское, и его балканский вариант объясняет фамилию без лишних допущений. Правдоподобнее всего считать, что предки носителя фамилии были греками или румынами, сохранившими имя в исходной форме как родовое прозвание.