Фамилия Манойлин — одна из тех русских фамилий, чья основа скрывает за собой личное имя, но не сразу очевидное. Если отбросить типичный русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Манойлин, то есть сын или потомок Манойлы), мы получаем основу «Манойла». Это просторечная, народная форма церковного имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В быту имя Мануил в русских говорах часто превращалось в Манойло, Манойла, а от него уже пошли фамилии Манойлов, Манойленко и, с суффиксом -ин, Манойлин.

Интересно, что суффикс -ин в данном случае закрепился не случайно. Он характерен для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а, -я (как Пушкин от Пушка, или Ильин от Илья). Манойла — имя женского рода по форме, но в крестьянской среде так могли называть мужчину (ср. Гаврила, Данила). Таким образом, Манойлин означает «потомок Манойлы», и предок носителя этой фамилии, скорее всего, был простым человеком, которого в документах или в быту звали уменьшительно-пренебрежительно, по-народному — Манойла, а не полным церковным Мануил.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где формы на -о и -а в мужских именах были особенно распространены. Встречается она и у донских казаков, что неудивительно: среди казачества было много выходцев с юга, и фамилии на -ин с основой на гласный — обычное дело. Редкость фамилии (она не входит в сотни самых частых) говорит о том, что род, скорее всего, не был многочисленным и разветвлённым, а нёс имя конкретного основателя, который жил, вероятно, в XVII–XVIII веках.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать Манойлина с молдавским или румынским именем Manole (от того же Мануил), но для русского уха это звучит натянуто: суффикс -ин в таком случае был бы чужеродным. Правдоподобнее держаться версии с народной формой крестильного имени — она проста, подтверждается словообразовательной моделью и не требует привлечения экзотики. Если вы носите эту фамилию, ваш предок по мужской линии с большой вероятностью звался Манойлой — и был, судя по всему, человеком незнатным, но с именем, которое несло благословение: «с нами Бог».