Фамилия Манойлов образована от имени Манойло — просторечной, народной формы библейского имени Иммануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». На Руси это имя давали в честь святого покровителя, веря, что между именем и небесным заступником существует незримая связь. Имя Манойло — это не единственный вариант, в южнорусских и украинских говорах встречались и формы Маной, Манойла, что дало начало фамилиям Манойленко, Манойлик, Манойлов.

По суффиксу фамилия относится к типичной восточнославянской модели на -ов: она отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность потомка человеку по имени Манойло. Такая модель закрепилась в северных и центральных землях Руси, но в случае с Манойловым есть и южный след. В Книге памяти Украины упоминается Манойлов Петр Георгиевич, родившийся в 1911 году в городе Болград Измаильского уезда Бессарабской губернии. Болград — исторический центр болгарской диаспоры в Бессарабии, и это не случайно: имя Манойло у болгар и гагаузов было распространено шире, чем у великороссов. Поэтому предки носителя фамилии могли быть не только русскими или украинцами, но и бессарабскими болгарами.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Мано́йлов, хотя в некоторых говорах встречается вариант Манойло́в. Второй вариант ближе к украинской и болгарской произносительной норме, где ударение в фамилиях на -ов часто смещается на последний слог. Так что написание и произношение могут подсказать, из какой местности родом семья.