Фамилия Манойло ведет начало от крестильного имени Иммануил, что в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В старину это имя было распространено в народной, обиходной форме — Мануйло или Манойло. Именно от неё через притяжательный суффикс -о и образовалась фамилия: буквально «сын Манойла». Такая модель типична для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где окончание -о указывает на происхождение из западных или южных земель бывшей Российской империи.

Впрочем, не исключено, что в основе фамилии лежит не церковное имя, а прозвище. В народе манойлой (или мануйлой) могли назвать льстеца или обманщика — человека, который «манул», то есть поманил, обнадёжил и не выполнил обещанного. Этот оттенок значения сохранился в говорах: «манить» — обманывать, вводить в заблуждение. Так что предок мог получить фамилию не по имени, а по своей неблаговидной репутации.

С точки зрения словообразования фамилия Манойло стоит в ряду таких же «имянных» фамилий, как Данило, Павло, Михайло. Суффикс -о здесь — не уменьшительный, а скорее разговорный, свойственный устной традиции. Географически фамилия чаще всего встречается на Украине, особенно в центральных и восточных областях, а также в приграничных регионах России. Это подтверждает её народное, а не книжное происхождение: в официальных документах имя Иммануил писали полной церковнославянской формой, а в быту — сокращённой.

Таким образом, у фамилии Манойло два возможных корня: либо она восходит к имени Иммануил через просторечную форму, либо к прозвищу, характеризующему человека. Первая версия — основная и более вероятная, вторая — дополнительная, но не менее интересная для тех, кто ищет в фамилии не только родство, но и оттенок характера предка.