Фамилия Манайло — украинская по происхождению, и её основа, скорее всего, лежит в народной форме крестильного имени. Если отбросить суффикс -айло, который часто встречается в украинских фамилиях и указывает на носителя действия или признака, остаётся корень Ман-. Он восходит к имени Манойло — разговорному варианту церковного имени Иммануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». Таким образом, предок носителя фамилии мог быть назван в честь этого библейского имени, а со временем форма Манойло через чередование звуков или диалектные особенности превратилась в Манайло.

Суффикс -айло в украинской ономастике продуктивен: он образовывал фамилии от личных имён, прозвищ и даже названий профессий. В данном случае он мог прикрепиться к основе Ман- и дать значение «тот, кто связан с Манойлом» или просто «сын Манойла». Однако есть и вторая версия: не исключено, что Манайло — это фонетически изменённое прозвище Меняйло. В украинских говорах «меняйло» означало «меняла», «тот, кто занимается обменом», и такая основа тоже могла перейти в фамилию через диалектное произношение (еканье или иканье). Эта гипотеза менее вероятна, поскольку имя Манойло исторически зафиксировано шире, но полностью отбрасывать её нельзя.

Географически фамилия Манайло встречается преимущественно в западных и центральных областях Украины, а также среди украинской диаспоры. В России она редка, что подтверждает её украинские корни. Сословно носители фамилии могли быть как казаками, так и крестьянами или мещанами — точных данных нет, но суффикс -айло не указывает на дворянское происхождение, а скорее на народную, бытовую среду.

Таким образом, основная версия — фамилия Манайло происходит от имени Манойло (Иммануил), а суффикс -айло оформляет её как типичную украинскую фамилию с указанием на родство или признак. Альтернативная версия (от прозвища Меняйло) возможна, но менее обоснована.