Фамилия Манайло относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Иммануил. По одной из версий, Манайло — это вариант имени Манойло, разговорной формы крестильного мужского имени Иммануил. В переводе с древнееврейского это имя означает «с нами Бог». Однако не исключено, что Манайло — это вариант прозвища Меняйло.