Фамилия Маноенко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так. Её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сына» или «потомка» в Поднепровье, на Слобожанщине и в Запорожье. Маноенко — это буквально «сын Маноя» или «потомок Маноя».

Основа фамилии — имя или прозвище Маной. Скорее всего, это народная, разговорная форма канонического имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В украинском и южнорусском быту такие усечения были обычным делом: Мануил превращался в Маноя, как Даниил — в Данилу, а Илья — в Илька. Соответственно, Маноенко — это «маленький Маной» или «Маноев сын».

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с прозвищем от прилагательного «маный» — в некоторых говорах так называли манерного, жеманного человека или, наоборот, того, кто манит, завлекает. Однако для фамилий на -енко гораздо типичнее происхождение от крестильного имени, а не от прозвища.

В географическом плане фамилия Маноенко почти наверняка сформировалась на территории современной центральной или восточной Украины. В России она встречается реже, чаще всего как след переселенческих волн конца XIX — начала XX века. По сословной принадлежности предки Маноенко, скорее всего, были казаками или крестьянами, а не дворянами: на -енко оседали в основном простые люди, а не шляхта, предпочитавшая фамилии на -ский.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает эту картину. Есть Манохин (от Маноха), Маношин, Манонов — все они тяготеют к украинской или южнорусской среде. Но Маноенко стоит особняком именно благодаря суффиксу, который однозначно указывает на патроним и на регион происхождения.