Фамилия Мануил — один из тех случаев, когда фамилия не образована от имени отца с помощью суффикса, а представляет собой застывшую, почти неизменённую форму личного имени. Здесь нет привычного -ов или -ин, которые указывали бы на принадлежность («чей сын?»). Перед нами полное каноническое имя Мануил, которое и стало фамилией. Такая модель — редкость для русской традиции, где имена обычно перерабатывались суффиксами. Она характерна для поздних, часто искусственных фамилий, которые давали в духовных училищах и семинариях, или для случаев, когда носитель был выходцем из неславянской среды, например, из греческой или румынской.

Имя Мануил — это русская церковная форма библейского имени Эммануил, что в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В православных святцах это имя носили несколько святых, в том числе мученики и преподобные. Попадая в русскую среду, имя обычно адаптировалось в фамилии Мануилов, Мануйлов, Емануилов. Но вариант без суффикса — Мануил — говорит о том, что его носитель, скорее всего, получил фамилию не по отцу, а по собственному крестильному имени, которое было записано как есть. Это могло произойти при переписи населения, когда писарь или священник фиксировал человека по имени, не добавляя родового окончания.

Основная версия происхождения — духовное сословие. В среде семинаристов и священников было принято давать «благозвучные» фамилии, образованные от имён святых, часто в прямой, несуффиксальной форме. Фамилия Мануил могла достаться выпускнику духовного училища, которого записали по имени его небесного покровителя. Вторая, менее вероятная, но возможная версия — греческое происхождение предка. Греки, переселявшиеся в Россию, нередко сохраняли фамилии, совпадающие с личными именами, и Мануил — одна из таких фамилий, распространённая в греческой диаспоре.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. Её можно найти в южных регионах России, где было сильно греческое влияние, а также в центральных областях, где располагались духовные семинарии. Фамилия не получила массового распространения, что подтверждает её нерядовой характер. Носители фамилии Мануил — это люди, чьи предки либо были связаны с церковью, либо сохранили в фамилии память о своём греческом корне, либо получили необычную запись при крещении.