Фамилия Мануилов образована от крестильного мужского имени Иммануил, распространенного в старину. Возможно, что в основу фамилии легло прозвище Мануйло, которым нарекали льстеца и обманщика. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мануил, со временем получил фамилию Мануилов.