Фамилия Мануиловская — одна из тех, чей адрес в языке легко прочесть по окончанию. Суффикс -ск- указывает на географическое или топонимическое происхождение: такую фамилию обычно получали не по отцу, а по месту, откуда человек был родом или где владел землёй. В данном случае исходным пунктом могло стать название населённого пункта — скорее всего, села или хутора Мануиловка, Мануилово или похожего. Такие топонимы в свою очередь образованы от имени или фамилии владельца или первопоселенца — Мануил. Это каноническое мужское имя греческого происхождения, вариант имени Эммануил, что значит «с нами Бог». В святцах оно известно в форме Мануил, и на Руси его давали при крещении, хотя широкого распространения оно не получило, оставаясь скорее редким, монашеским или простонародным.

География фамилии подсказывает, что корни Мануиловских — на юге и западе бывшей Российской империи. Населённые пункты с похожим названием встречаются в нынешней Винницкой, Киевской, Херсонской областях Украины, а также в Молдове. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим деревней Мануиловкой, либо крестьянином или мещанином, который переехал оттуда в другое место и получил прозвание по прежнему месту жительства. В дворянской среде фамилии на -ский часто закреплялись за владельцами имений, но в XIX веке их активно давали и выходцам из духовного сословия — семинаристам, которых записывали по названию родного села или по имени святого. Для священнической среды характерны как раз такие «географические» фамилии, и Мануиловская могла возникнуть у выпускника семинарии, взявшего её от названия погоста или прихода.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мануйлов, Мануилов, Мануильский — показывает, что форма на -ская самая поздняя и книжная. В отличие от патронимических (Мануйлов, то есть «сын Мануила»), Мануиловская не говорит напрямую об имени отца, а привязывает человека к определённому месту или сословию. Это делает фамилию менее распространённой, но более точной в социальном смысле: её носители, скорее всего, происходят из среды духовенства или мелкопоместных дворян южных губерний. Никаких широко известных исторических персонажей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её локальный, «камерный» характер.