Фамилия Мануилин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Мануилин послужило церковное имя Мануил (Иммануил). Мужское крестильное имя Мануил (Иммануил) в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В основу фамилии легла производная форма имени – Мануиля. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мануиля, со временем получил фамилию Мануилин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мануилин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мануилин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.