Фамилия Мануильский — одна из тех, что сразу выдают церковное происхождение, но с неочевидным географическим поворотом. В основе лежит каноническое имя Мануил (от древнееврейского «иммануэль» — «с нами Бог»). В православных святцах имя известно в формах Мануил, Мануйло, Мануила, а в украинской и белорусской традиции часто переходило в разговорное Мануйло. Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия образована не от прозвища или отчества напрямую, а по модели, характерной для польской и западнорусской шляхты, а также для духовенства. Фамилии на -ский в XVII–XIX веках часто давали выпускникам семинарий, заменяя ими простонародные фамилии на -ов или -ин.

Интересная деталь: в русском языке имя Мануил не было редкостью, но фамилия Мануильский встречается заметно реже, чем, скажем, Мануйлов. Это намекает на узкий круг носителей — скорее всего, предки были либо священнослужителями, получившими фамилию при поступлении в духовное училище (по имени отца или наставника), либо выходцами из западнорусских земель, где суффикс -ский был обычным для крестьянских и мещанских фамилий. В Речи Посполитой фамилии вроде Мануильский могли давать по названию села или по имени владельца, но здесь основа явно личная, а не топонимическая.

Словообразовательная модель простая: корень Мануил- + суффикс -ск- + окончание -ий. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ману́ильский, хотя в некоторых говорах могли смещать на последний. По сословному составу носители фамилии встречались среди мещан и духовенства — в дворянские родословные книги эта фамилия, судя по доступным данным, не входила. Известный носитель — Дмитрий Захарович Мануильский, советский политический деятель и дипломат, что подтверждает украинское происхождение фамилии (он родился на Волыни). В целом, если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были связаны с церковной средой или западнорусским крестьянством, а сама фамилия — пример того, как редкое каноническое имя обрело аристократическое по форме, но демократичное по сути окончание.