Фамилия Мануилова — женская форма мужской фамилии Мануилов, которая образована от крестильного имени Иммануил. В основе лежит имя Мануил (или его народная форма Мануйло), которое в старину было широко распространено среди славян. Перевод с древнееврейского — «с нами Бог»: это имя носил один из ветхозаветных пророков, а в христианской традиции его связывают с образом Христа.

Однако у фамилии есть и вторая, более бытовая версия происхождения. В русских говорах слово «мануйло» могло означать льстеца или обманщика — человека, который умело льстит ради выгоды. Если предок получил такое прозвище, то фамилия пошла не от церковного имени, а от уличного, ироничного. Различить эти два корня сегодня почти невозможно, но вторая гипотеза правдоподобна именно для крестьянской среды, где редко давали фамилии по полному церковному имени без сокращения.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в женском варианте -ова) указывает на принадлежность — «чей?» — то есть «дочь или жена Мануила». В документах XVII–XVIII веков фамилия чаще встречалась в южнорусских и украинских землях, где имя Мануил было особенно популярно благодаря святому Мануилу Критскому. В центральной России её могли записать как Мануйлова, с заменой «и» на «й» — это характерно для народного произношения.

Редкая особенность фамилии — двойная ударная норма: в некоторых семьях ставят ударение на второй слог (Ману́илова), в других — на третий (Мануи́лова). Это не ошибка, а следствие разного говора предков.