Основой фамилии Мануилина послужило церковное имя Мануил (Иммануил). Мужское крестильное имя Мануил (Иммануил) в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В основу фамилии легла производная форма имени – Мануиля. Скорее всего, основатель рода Мануилиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мануиля, со временем получил фамилию Мануилин.