Фамилия Мануилин образована от крестильного имени Мануил (Иммануил). В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог», что делает эту фамилию одной из многих русских фамилий, восходящих к библейским именам. Однако её интерес — не в основе, а в том, как именно эта основа была оформлена.

Вместо привычного суффикса -ов (как в фамилии Мануилов) здесь использован суффикс -ин. Разница простая: -ин обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. В данном случае за основу взяли не полное имя Мануил, а его разговорную, «домашнюю» форму — Мануиля. Это характерно для русской ономастики: от уменьшительных или обиходных вариантов имени фамилии образовывались чаще, чем от полных церковных форм. Потомка человека, которого в быту звали Мануиля, и записали как Мануилин.

Такая модель (основа на -я + суффикс -ин) встречается реже, чем массовые фамилии на -ов, и указывает на более тесную, личную связь с именем предка. Фамилия Мануилин — не про «сына Мануила», а про «сына Мануили» (того, кого называли уменьшительно). Это типичный пример того, как церковное имя, пройдя через бытовую речь, закрепилось в фамилии в своей живой, народной форме.