Основой фамилии Мануилин послужило церковное имя Мануил (Иммануил). Мужское крестильное имя Мануил (Иммануил) в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В основу фамилии легла производная форма имени – Мануиля. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мануиля, со временем получил фамилию Мануилин.