Фамилия Мануйлин — одна из тех, что хранят в себе имя, а точнее, его народную форму. В её основе лежит каноническое мужское имя Мануил (от древнееврейского Иммануэль — «с нами Бог»). В русской бытовой традиции имя это часто произносили и записывали как Мануйла, отсюда и пошла фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мануйлин буквально означает «сын Мануйлы» или «человек из рода Мануйлы».

Модель образования здесь классическая для русских фамилий XVI–XVII веков. Исходное имя Мануил не было редким, но и не входило в десятку самых популярных. Чаще всего его давали в крестьянской и мещанской среде, в среде духовенства оно тоже встречалось, но реже. Фамилия Мануйлин закрепилась в тех регионах, где акающее произношение (Мануйла вместо Мануил) было нормой, — это южнорусские и центральные губернии, а также Поволжье.

Интересная деталь: в говорах имя Мануйла могло звучать как Мануля или Мануха. Поэтому однокоренные фамилии Манулин, Манухин и Мануйлов — это по сути «родственники» Мануйлина, разошедшиеся по разным суффиксальным моделям. Мануйлов — более поздняя форма, возникшая под влиянием церковнославянского написания имени, а Мануйлин — именно народный, «домашний» вариант.

Сословная принадлежность первых носителей фамилии не зафиксирована в каких-то особых документах, но по косвенным данным можно говорить, что это были преимущественно крестьяне и посадские люди. Дворянских родов с фамилией Мануйлин не известно — это фамилия простого человека, чей предок носил имя, данное в честь одного из святых (в православии почитается мученик Мануил).