Фамилия Мануилиди — редкий для России случай греческой модели образования. Её основа — крестильное имя Мануил (греч. Μανουήλ, от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). Суффикс -иди (в русской записи часто -иди или -идис) — классический греческий патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Буквально Мануилиди переводится как «сын Мануила».

Такие фамилии складывались у греков в Малой Азии, на Понте и островах Эгейского моря. В России и бывших республиках СССР фамилия Мануилиди встречается почти исключительно у потомков греческих переселенцев — прежде всего понтийских греков, которые в XIX–XX веках переезжали в Причерноморье, на Кубань, в Крым, на Донбасс и в Закавказье. Вторая волна миграции пришлась на 1910–1920-е годы, после геноцида греков в Османской империи и обмена населением.

Любопытная деталь: в греческом языке ударение в фамилии падает на последний слог — Мануилиди́. В русском быту ударение часто смещается на третий слог — Мануи́лиди, под влиянием привычных русских фамильных моделей. В документах советского времени фамилию могли записывать без конечного «с» (Мануилиди вместо Мануилидис), так как окончание -с в русском воспринималось как лишнее.

Сословной принадлежности у этой фамилии нет — греческие патронимы носили и крестьяне, и торговцы, и священники. Среди носителей фамилии Мануилиди встречались ремесленники, купцы, позже — врачи и инженеры. Известные однофамильцы в открытых источниках почти не представлены, что подтверждает её редкость даже в греческой диаспоре.

Если вы носите фамилию Мануилиди, с высокой вероятностью ваши предки — понтийские греки, сохранившие память об имени предка-основателя. Фамилия не меняла форму при русификации, что тоже редкость: большинство греческих фамилий на -идис в СССР «обрусевали» до -ов или -ев, но Мануилиди осталась почти без изменений.