Фамилия Манул — редкий случай, когда прозвище дано по названию дикого кота. Манул — степной хищник из семейства кошачьих, обитающий в Центральной Азии, в России — в Забайкалье и на Алтае. Если предок получил такое прозвище, его могли сравнить с этим зверем за внешность: густые бакенбарды, приземистость, настороженный взгляд. Либо за характер — нелюдимость, скрытность, независимость.

Но есть и другая версия, более прозаичная. В некоторых русских говорах «манул» означало «обманщик, плут» (от глагола «манить» — обманывать, завлекать). В этом случае прозвище могло закрепиться за хитрым человеком, умевшим выкрутиться из любой ситуации. Слово «манул» фиксируется в словаре Даля именно в значении «льстец, обманщик», и эта версия кажется даже более вероятной для центральных и северных областей России, где дикий манул никогда не водился.

Фамилия образована по простой модели: прозвище Манул + нулевой суффикс. Суффикса -ов или -ин здесь нет, что указывает на позднее закрепление фамилии в форме чистого прозвища, без патронимического оформления. Такие бессуффиксные фамилии встречаются реже и часто сохраняют исходное звучание.

Встречается фамилия в основном в Сибири и на Урале — именно там пересекались ареал животного и русское население, которое могло дать прозвище. Но единичные носители есть и в европейской части России, что скорее подтверждает вторую, «хитрую» версию происхождения. Однокоренные фамилии — Манулов, Манулин — встречаются чаще, но Манул остаётся более редким и прямым вариантом.