Фамилия Манулина — женская форма от Манулин, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Манула. Вопреки возможной ассоциации с диким котом манулом, корень здесь почти наверняка другой. Основа фамилии — каноническое мужское имя Мануил (вариант библейского Эммануил, что значит «с нами Бог»). В народной речи имя упрощалось: Мануил превращался в Манулу, Манулю, Мануху. От этих обиходных форм и пошли фамилии: Манулин, Манухин, Мануйлов.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Манулин, то есть сын или потомок Манулы. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а, -я. В этом смысле Манулина стоит в одном ряду с Николиным, Гаврилиным, Данилиным, но её отличает более редкая основа: полное имя Мануил в крестьянской среде встречалось реже, чем, скажем, Иван или Пётр.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где имя Мануил (особенно в форме Мануйло) было более распространено. Встречается она и на Украине, где звучала бы как Мануленко. Социальный контекст прост: предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане, получившие фамилию по имени отца или деда. Аристократических родов с такой фамилией не зафиксировано.

Есть и другая, куда менее вероятная версия: связь с диалектным словом «манул» — так в некоторых говорах называли медлительного, вялого человека. Но эта гипотеза слабая: в письменных источниках прозвище Манула почти всегда оказывается производным от имени, а не от нарицательного слова. Так что основное значение фамилии Манулина — «принадлежащая потомку Манулы», то есть человека, носившего церковное имя Мануил в его разговорной, бытовой форме.