Фамилия Манинец — редкий случай, когда географический суффикс перевесил по смыслу корень. В ней сразу два форманта, указывающих на происхождение: сначала -ин-, а потом -ец. Такая двойная «привязка к месту» встречается нечасто и говорит о том, что фамилия формировалась не в центральной России, а на западных или юго-западных землях — скорее всего, на территории современной Украины, Беларуси или в пограничных с ними областях.

Основа «Манин» — это притяжательное прилагательное от имени или прозвища Маня. В народной среде Маня — не только уменьшительное от Мария, но и самостоятельное мужское имя (редкое, но бытовавшее), а также прозвище. В говорах «маня» могло означать «маленький», «младший» или даже «медлительный, нерасторопный человек» (от глагола «манить» — мешкать, тянуть). Соответственно, Манинец — это «выходец из семьи Маниных» или «тот, кто родом из селения, где жили Манины». Суффикс -ец в украинской и белорусской ономастике типичен для обозначения жителя по названию места или рода: скажем, киевец, полтавец, а в фамилиях — Довгалец, Гриневец.

Вторая версия, более прозрачная, но менее вероятная: фамилия могла возникнуть от топонима Манин или Манино. Такие названия встречаются: например, село Манино в Воронежской области или хутор Манин в Ростовской. Однако для фамилии с суффиксом -ец ожидалась бы форма «Манинец» именно как указание на уроженца этого места. Но тогда непонятно, почему не закрепилась форма без -ин- (Манец или Мановец). Двойной суффикс намекает на то, что первичным было именно отчество или прозвище, а уже от него образовалось «географическое» прозвание.

Сословно фамилия не закрепилась за дворянством — её носители, судя по архивным данным XIX века, были крестьянами и мещанами Черниговской, Киевской и Могилёвской губерний. Это подтверждает западнорусский след. В современной России фамилия остаётся редкой, встречается в основном на юге и в центральных областях, но без выраженного «гнезда». По ударению почти всегда фиксируется на втором слоге — Мани́нец, что тоже типично для украинских фамилий с суффиксом -ец.