Фамилия Маницков — редкий пример, когда суффикс подсказывает больше, чем корень. В ней выделяется суффикс -ицк- (вариант -ицк-/-ицк-ов), который характерен для фамилий, образованных от географических названий с окончанием на -ицы или -ицк. В русской ономастике такая модель типична для западнорусских и белорусских земель: ср. Голицын (от Голицы), Беленицкий (от Беленицы). Основа Ман- в таком случае восходит к названию населённого пункта вроде Маницы, Маницк или Маницкое. Где именно находилось такое село или деревня — вопрос открытый: в современных топонимических справочниках подобные пункты единичны и, скорее всего, исчезли в ходе истории. Фамилия могла закрепиться за выходцем из такой местности, которого называли «маницким» (человек из Маниц), а затем переоформилась в Маницков под влиянием стандартной модели на -ов.

Есть и вторая, более прозаичная версия. Корень ман- мог быть прозвищным — от диалектного глагола манить (звать, привлекать, обманывать). В таком случае Маник или Маниц — это человек, который «манит», завлекает, возможно, хитрец или зазывала. Суффикс -иц- здесь уменьшительный или пренебрежительный, а фамилия образовалась по схеме «прозвище + -ов»: Маниц — сын Маница. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ицк- почти не встречается в чисто прозвищных фамилиях, он прочно «привязан» к географии.

Написание фамилии устойчиво: Маницков, не Маницкий. Двойной суффикс (-ицк- + -ов) говорит о том, что носитель фамилии или его предок уже не ассоциировал себя с местом, а фамилию «подогнали» под общерусский стандарт. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян до мещан, но в дворянских родословных книгах Маницковы не встречаются — фамилия оставалась в простонародной среде. Встречается она крайне редко, в основном в центральных и западных областях России. Поиск по современным телефонным справочникам показывает единичные случаи в Москве и Подмосковье, что подтверждает её редкость.