Фамилия Манкос — редкий для России случай, когда греческое слово стало прозвищем, а затем и фамилией. В её основе лежит греческое «манкос» (μάγκας), что означает «ловкий малый», «смельчак», «хитрец», а в более широком смысле — «удалец», «парень не промах». В греческом языке это слово имело и оттенок «уличный мудрец» или «пройдоха», но без резко отрицательной окраски, скорее с оттенком одобрительной насмешки.

Словообразовательная модель проста: фамилия не получила русского суффикса -ов или -ин, а закрепилась в исходной форме. Это типично для фамилий, которые возникли в среде греческого населения Российской империи — в Приазовье, Крыму, Одессе или среди греков-понтийцев, переселявшихся на юг России. Если бы фамилия была исконно русской, она, скорее всего, звучала бы как Манков или Манкин, но форма Манкос прямо указывает на греческое происхождение.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «манк» — «немой» или «недостаток речи». Однако в пользу греческой гипотезы говорит и то, что в русских говорах слово «манкос» не зафиксировано, а распространение фамилии — юг России, Краснодарский край, Ростовская область, где исторически были греческие общины.

Предок носителя фамилии Манкос, скорее всего, получил своё прозвище за бойкость, предприимчивость или остроумие. В среде греческих торговцев, ремесленников или моряков такое прозвище могло закрепиться за человеком, который умел выпутаться из любой передряги. Фамилия не относится к дворянским — это типичное прозвищное имя, которое перешло в фамилию в XIX веке, когда греки Причерноморья получали паспорта Российской империи.