Фамилия Манлыбаева — редкий пример фамилии, образованной от составного тюркского имени. Ее основа — мужское имя Манлыбай, которое состоит из двух частей: «манлы» (родинка, родимое пятно) и «бай» (господин, богач, хозяин). В тюркской традиции имя с таким корнем давали ребенку, у которого была заметная родинка. Родинка считалась особым знаком, оберегом, а имя Манлыбай должно было принести обладателю удачу и богатство.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для тюркских фамилий, адаптированных в русской среде: к основе Манлыбай прибавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного), а затем — женское окончание -а. Фамилия в мужской форме звучит как Манлыбаев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын (или дочь) Манлыбая». Такая модель массово закрепилась за тюркскими фамилиями в XIX — начале XX века, когда у башкир, татар, казахов и других народов начали оформлять фамилии по русскому образцу.

Географически фамилия Манлыбаева чаще всего встречается у башкир и татар. В Башкортостане и соседних регионах (Оренбургская, Челябинская области) сохранились топонимы и родо-племенные названия с корнем «манлы». Например, есть деревня Манлырово, а в башкирском языке слово «манлы» имеет и переносное значение — «отмеченный», «знатный». Так что фамилия могла закрепиться не только за конкретным человеком по имени Манлыбай, но и за целым родом, где это имя было родовым или прозвищным.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским глаголом «ман» (заблудиться, блуждать) или «манлы» как диалектный вариант «мәңге» (вечный). Но она слабо подтверждается историческими записями. Основное значение — через имя от родинки — самое прозрачное и логичное. Фамилия недвусмысленно указывает на тюркские корни, и ее носительницы могут с высокой вероятностью считать своей этнической основой башкирскую или татарскую среду.