Фамилия Манлыбаев — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать с имени, а не с суффикса. Основа здесь — мужское имя Манлыбай. Оно составное: первая часть «манлы» восходит к тюркскому «ман» (родинка, родимое пятно) или к «ман» в значении «счастье, удача» (в некоторых диалектах), а вторая часть «бай» — традиционный титул или компонент имени, означающий «богач, хозяин, господин». В доисламской и раннемусульманской традиции у тюркских народов имена с «бай» давали мальчикам как пожелание богатства и благополучия. Таким образом, Манлыбай — это либо «богач с родинкой» (примета, считавшаяся счастливой), либо «счастливый господин».

Суффикс «-ев» — стандартный русский патронимический показатель, который присоединяли к тюркским основам при оформлении фамилий в XIX–XX веках. По модели образования фамилия Манлыбаев — типичный случай русификации: к тюркскому имени добавили русский суффикс принадлежности, чтобы получилось «сын Манлыбая». Встречаются и варианты с суффиксом «-ов» (Манлыбаев или Манлыбаев — оба написания допустимы, хотя закрепилось первое), что говорит о поздней фиксации фамилии в документах, когда русские писцы записывали на слух.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили башкиры, татары и казахи. В Башкортостане и Оренбургской области она встречается чаще всего. Это не случайно: имя Манлыбай было распространено именно в среде башкир и западных казахов, где родинка («мин» или «ман») считалась особым знаком судьбы. В некоторых башкирских родах даже существовало поверье, что человек с родинкой на лице обладает даром предвидения или удачливостью в делах.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительную ясность. Если взять Мансуров (от арабского «мансур» — победоносный) или Маннанов (от имени Маннан — щедрый), то Манлыбаев стоит особняком: его корень не арабский и не персидский, а именно тюркский, что реже встречается среди фамилий на «-баев». Фамилии на «-баев» (Кутлыбаев, Ишбаев, Уразбаев) в целом характерны для башкирской и татарской ономастики, но основа «манлы» выделяет Манлыбаева как более редкую и локальную.

Сословной привязки у фамилии нет: носители могли быть и крестьянами, и торговцами, и военными. В метрических книгах XIX века по Уфимской губернии встречаются записи о Манлыбаевых из числа тептярей (сословие, близкое к государственным крестьянам) и башкир-вотчинников. Никакой легенды о знатном предке здесь не требуется — фамилия честно рассказывает о прозвище или имени конкретного человека, которого окружающие запомнили по родинке или по счастливой доле.