Фамилия Манобаева — редкая, и её происхождение неочевидно. Чтобы разобраться, нужно отбросить суффиксальную часть. Суффикс -ев указывает на модель образования от мужского имени или прозвища через отчество: Манобай → сын Манобая → Манобаев → Манобаева (женская форма). Основа — Манобай — почти наверняка тюркская или кавказская, где «бай» означает «господин», «богатый», «хозяин». Первая часть, «Мано», может быть личным именем или сокращением от более длинного имени (например, Манол, Мансур в местной огласовке). Таким образом, Манобай — сложное имя-пожелание вроде «богатый (как) Ман(сур)» или «господин Мано».

Географически фамилия встречается в основном на Северном Кавказе, особенно у осетин, а также у народов Дагестана. В осетинском языке «мано» имеет значение «мой» (в притяжательной форме), что даёт вторую версию: Манобай могло означать «мой господин» — почтительное обращение или прозвище человека, который служил у знатного лица. Эта гипотеза правдоподобнее, так как в тюркских и кавказских языках подобные конструкции (притяжательное + титул) часто переходили в личные имена.

Сословно носители фамилии вряд ли принадлежали к высшей аристократии — в среде горцев «бай» было скорее уважительным обращением к зажиточному или влиятельному человеку, но не княжеским титулом. Скорее всего, предок Манобаевых был уважаемым старейшиной, купцом или воином, получившим такое прозвище-имя. Женская форма «Манобаева» закрепилась через замужество или как фамилия по отцу, что типично для русского документооборота на Кавказе в XIX–XX веках.

Из-за редкости фамилии её точное значение можно установить только при обращении к местным диалектам и архивным записям. Но если опираться на словообразовательную модель, то Манобаева — это «дочь/жена того, кого звали Манобай», а сам Манобай — человек, которого в обществе величали «мой господин».