Фамилия Манабаева происходит от мужского имени Манабай — краткого варианта более полного имени Манапбай. В основе лежит сращение двух корней: арабского «манап» (помощник, заместитель) и древнетюркского «бай» (господин, богатый человек). В буквальном переводе Манапбай означает «заместитель хозяина» или «помощник господина». Имя давали с пожеланием, чтобы сын добился уважения и высокого положения в обществе.

Фамилия образована по стандартной для тюркских народов модели: к имени отца прибавляли русский патронимический суффикс -ев/-ов. Так потомок человека по имени Манабай стал записываться как Манабаев. Женская форма Манабаева фиксирует принадлежность к этому роду.

Географически фамилия распространена прежде всего среди казахов, а также встречается у других тюркоязычных народов Центральной Азии. Встречаются варианты написания Манапбаев и Манабаев — оба восходят к одному корню. Сравните с однокоренными фамилиями Манапов, Манапбаев — все они указывают на общее происхождение от имени с корнем «манап».