Фамилия Манабаев образована от имени Манабай, являющегося вариантом имени Манапбай. Он представляет собой сочетание двух существительных: арабского «манап» со значением «помощник, заместитель» и древнетюркского «бай», переводящегося как «господин, богатый человек». Таким образом, именование Манапбай можно трактовать как «заместитель хозяина». Вероятно, родители назвали сына Манабаем, желая, чтобы он добился высокого положения в обществе. Таким образом, потомок человека, которого звали Манабай, со временем получил фамилию Манабаев.