Фамилия Манабаев происходит от личного имени Манабай. Это имя — не самостоятельное, а фонетический вариант более полного имени Манапбай, где произошло упрощение: «п» выпало, а две гласные «а» слились. Такой процесс стяжения характерен для тюркских языков, где ударные слоги иногда «съедают» соседние звуки в быстрой речи.

Имя Манапбай составное. Первая часть — арабское слово «манап», которое в тюркской среде приобрело значение «помощник», «заместитель» или «доверенное лицо». В казахской и киргизской родоплеменной иерархии манапом называли выборного старшину, влиятельного человека, который представлял интересы рода. Вторая часть — древнетюркское «бай» (господин, богач, хозяин). Полное значение имени — «заместитель хозяина» или «помощник господина».

Давая сыну имя Манабай, родители закладывали в него пожелание вырасти человеком уважаемым, занять место при власти или стать правой рукой сильного покровителя. Имя было социально окрашенным — его могли дать в семьях, где стремились к повышению статуса.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Манабай добавили суффикс принадлежности -ев (вместо -ов после «й»). В результате Манабаев — это «сын Манабая» или «потомок того, кого звали Манабай». Фамилия преимущественно казахская, встречается также у киргизов и каракалпаков, что указывает на её распространение в среде кочевых народов Центральной Азии.

В написании фамилии возможны варианты: Манабаев (самый частый) и изредка Манапбаев — более архаичный, сохранивший исходную форму имени. Если встретите такой вариант, знайте: это та же фамилия, только в более полном звучании.