Фамилия Манофа — редкая и нестандартная для русского уха. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает: корни здесь, скорее всего, не великорусские, а пришлые, южные или западные.

Самый прямой путь — к греческому или южнославянскому имени Манолис, уменьшительной форме от Эммануил. В греческом «Манолис» звучит как Μανώλης, а его просторечная, «домашняя» форма могла дать Манόфа. По такому же принципу болгарские и македонские фамилии вроде Манолов или Манолев превращались в Манофа через усечение суффикса и адаптацию к местному произношению. То есть фамилия могла возникнуть в среде греческих переселенцев или болгар, осевших на юге Российской империи (Новороссия, Бессарабия, Приазовье). Мужчина по имени Манол (Эммануил) получал прозвище Манофа, а его дети наследовали фамилию без изменений.

Вторая версия — тюркская. В крымскотатарском и турецком есть слово «manaf» (манаф) — так называли зажиточного купца, оптового торговца, иногда с оттенком «скупой, прижимистый». Фонетический сдвиг «а» в «о» под влиянием акающих русских говоров или украинского языка дал «Манофа». Тогда фамилия — прозвище по роду занятий: предок был торговцем, возможно, в Крыму или на Кубани, где тюркское влияние было сильным.

Третий, менее вероятный вариант — искусственное переоформление исходной фамилии при записи в метрические книги. Писарь мог записать «Манофа» вместо «Мануйлов» или «Мануфа» (от канонического Мануил), сократив и изменив концовку. Но такая версия объясняет лишь единичные случаи, а не устойчивую фамилию.

География фамилии сегодня — юг России, Украина, Молдова. Встречается она редко, и это не случайно: фамилии без родового суффикса (как Манофа, Харламп, Калина) обычно оставались в тех местах, где их дали, и не распространялись с крестьянской миграцией на север.

Таким образом, Манофа — скорее всего, греческая или болгарская по происхождению фамилия, образованная от имени Эммануил (Манол) через характерное для южных славян и греков стяжение. Её носители — потомки переселенцев, которые сохранили фамилию в том виде, в каком её услышали и записали в XIX веке.