Фамилия Манонова — женская форма мужской фамилии Манонов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с основой «Манон».

Вероятнее всего, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Манон. Оно могло возникнуть как вариант имени Манойло (просторечная форма канонического имени Мануил, означающего «с нами Бог»). В русских говорах имена часто укорачивали, добавляя суффиксы субъективной оценки: Манойло → Маня → Манон. Такое имя-прозвище могли дать ребёнку в крестьянской или мещанской среде.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с тюркскими корнями. У татар и башкир встречается мужское имя Маннан (от арабского «щедрый»). При адаптации в русском языке оно могло перейти в форму Манон. Фамилия Манонов и Манонова встречается среди поволжских татар и в Башкортостане, что подтверждает эту гипотезу.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от отчества: «чей сын?» — Манонов, то есть сын Манона. Для женщин форма Манонова — «дочь или жена Манонова».

Регионально фамилия редкая. В дореволюционных метрических книгах её носители фиксировались в основном в южных губерниях России (Воронежская, Тамбовская) и в Поволжье. Это говорит о том, что предки были скорее всего государственными крестьянами или однодворцами — людьми, которые несли службу на окраинах государства и не принадлежали к дворянству.