Фамилия Маношенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в Поднепровье и на Левобережной Украине. Суффикс -енко изначально означал «сын» или «потомок», то есть Маношенко — буквально «сын Маноши». Вопрос в том, что скрывается за основой «Манош».

Самая вероятная версия: Манош — это народная, разговорная форма канонического имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В украинском быту имена часто усекали и смягчали: Мануил превращался в Маношу, а от него уже пошла фамилия. Такое словообразование встречается и в других фамилиях: Манохин, Мануйлов, Мануленко.

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с польским словом manić — «манить, обманывать». В таком случае Маноша могло быть прозвищем хитрого или льстивого человека. Однако для украинской среды это менее типично: прозвища, образованные от глаголов, чаще давали по действию (например, Непийвода), а не по абстрактному качеству.

Географически фамилия Маношенко сегодня чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — в Черкасской, Полтавской, Днепропетровской. Это совпадает с зоной активного бытования фамилий на -енко, которые в Российской империи фиксировали как «малороссийские». В России фамилия тоже встречается, но в основном у потомков переселенцев с Украины.

С точки зрения социального происхождения, носители фамилии Маношенко в XIX веке относились к казацкой или крестьянской среде — дворянских родов с такой фамилией нет в родословных книгах. Это не значит, что среди предков не было зажиточных казаков, но титулов и вотчин за этой фамилией не числится.

Если сравнивать с однокоренными, то Маношенко стоит в одном ряду с Манохиным (русская форма на -ин), Мануйленко (от полной формы имени) и Маношевским (польско-украинский вариант с суффиксом -ский). Но именно суффикс -енко указывает на украинское происхождение и на то, что фамилия закрепилась не раньше XVII века — когда эта модель стала массовой.