Фамилия Маношина — женская форма, а её мужской вариант Маношин. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ин, который в древности означал принадлежность: «чей?» — Маношин, то есть сын или потомок Маноши.

Разбираем основу. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Маноша. Это уменьшительно-ласкательная форма от разных крестильных имён, начинающихся на «Ман-»: Манойло (просторечная форма от Эммануил), Мануил, а также от редкого имени Манассия. В русских говорах суффикс -оша часто придавал имени фамильярный, бытовой оттенок (сравните: Миша — Миноша, Гриша — Гриноша). Таким образом, Маноша — это домашнее, «кухонное» прозвище человека, носившего в церкви полное имя Эммануил или Мануил.

Есть и вторая, менее вероятная, но возможная версия. В некоторых диалектах «маноша» могло означать «маленький, невысокий человек» (от слова «малый» с тем же суффиксом -оша). Однако эту версию стоит рассматривать как гипотезу — основная масса подобных фамилий всё же восходит к личным именам, а не к нарицательным словам.

Фамилия Маношина не относится к числу распространённых дворянских или купеческих. Скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди из центральной России. Встречается она преимущественно в областях, где были сильны старомосковские говоры: Тверская, Ярославская, Владимирская, Московская. Суффикс -ин и основа от разговорной формы имени указывают на то, что фамилия сложилась довольно рано, не позднее XVII века, когда на Руси активно шёл процесс закрепления прозвищ за родами.