Фамилия Манушакянц — редкий случай в русском ономастиконе, который сразу выдает армянское происхождение, но с необычным для русского уха окончанием. В ней сплелись армянская основа и русская или, точнее, южнорусская (кубанская, донская) модель оформления фамилий.

Основа фамилии — армянское имя или прозвище Манушак. В армянском языке «манушак» (մանուշակ) означает «фиалка». Это женское имя, известное в Армении с древности, а также поэтическое обозначение нежности и красоты. Мужская форма Манушак в качестве личного имени встречается реже, чаще как ласкательное прозвище. К этой основе добавлен патронимический суффикс -янц (или -ян), который в армянском языке означает «из рода такого-то», «сын такого-то». То есть Манушакянц буквально — «из рода Манушака», «потомок того, кого звали Манушак».

Однако ключевая особенность — окончание -ц. В классическом армянском языке фамилии на -янц (в западном диалекте) или -ян (в восточном) пишутся без дополнительного «ц» на конце. Форма Манушакянц (с конечным -ц) — это результат адаптации армянской фамилии в русской языковой среде, а точнее — в среде терских или кубанских казаков, а также армянских переселенцев на юге России. В XIX веке многие армяне, переселявшиеся на Кубань, Дон и в Ставрополье, «обрусевали» свои фамилии, добавляя к армянскому суффиксу -янц русское окончание -ов или -ев. Но фамилия Манушакянц сохранила армянский суффикс, а конечное -ц, вероятно, закрепилось под влиянием местных говоров (ср. украинские фамилии на -ец, -ц). Таким образом, Манушакянц — не чисто армянская и не чисто русская, а гибридная форма, возникшая на стыке двух культур.

Географически фамилия тяготеет к Краснодарскому краю, Ростовской области и Ставрополью, где исторически сложились крупные армянские общины. Встречается она и в Армении, но там чаще пишется как Манушакян. Носители фамилии — потомки армянских переселенцев, которые, сохранив родовое имя, изменили его под влиянием русской бюрократической традиции. Род занятий предков мог быть любым: от крестьян-земледельцев до купцов, но само имя Манушак указывает скорее на личную характеристику (нежность, красота), чем на профессию.